<Complete RNA series> Ctss mRNA, Rat

～RNA の 5' 末端に cap 構造を、3' 末端に Poly (A) tail を付加した均質なラット mRNA 標品～

　本品は、ラット cathepsin S 遺伝子の全長配列を有する RNA の 5' 末端に CAP 構造を , 3' 末端に Poly A tail を付加した均質なラット mRNA 標品である。本製品を使用することで各種の Real-Time PCR 実験プロトコールのバリデーションを行うことが可能になります。
　本品を使用することで Real-Time PCR 実験の絶対量コントロールや、バリデーションコントロールを取るためのテンプレートとして用いることが可能です。

・5' 末端に cap 構造を、3' 末端に Poly (A) tail を持ちます。
・単一な遺伝子配列をもつ RNA です。
・世界初の生体内の mRNA を再現した単一の RNA 分子です。
・各種遺伝子発現解析の実験プロトコールの標準化をサポートします。

・ リアルタイム定量 RT-PCR のバリデーションコントロールに！

・ リアルタイム定量 RT-PCR の絶対量コントロールに！

• <Complete RNA series> Ctss mRNA, Rat [10µl×1本]
• 濃度： 10ng/µl
• 保存条件： －80℃

本製品（10⁸ copy ～ 10³ copy 相当量) を 遺伝子特異的なプライマーとプローブを用いて 2step リアルタイム定量 PCR を行い、 Standard Curve を作成した 。

反応試薬	qPCR Mastermix Plus Low ROX(EUROGENTEC社製品， Code No.312-80431 )
使用機器	ABI PRISM® 7500 Fast
反応条件	・Detection： 蛍光標識プローブ ・Reaction Volume： 20µl ・standard 7500 mode
Cycle Program	95℃ 10 min 95℃ 15 sec ×40 Cycles 60℃ 1 min
プライマー，プローブ	配列 Forward Primer 5'-CTG CCA CGT GTT CAA GGT ACA-3' Reverse Primer 5'-GCC ACT GCT TCT TTC AGA GCT T-3' Double-Dye Probe 5'FAM-TGA GCT CCC CTT CGG CGA TGA A-3'TAMRA ＊プライマー，プローブは ニッポンジーン マテリアル にて合成したものを使用しております。 　 本Primer-Probe配列は、Complete RNAの検量線作成の実験のみに用いるため設計しました。 　 そのため、残存ゲノムDNAを検出しないような領域に設計する考慮はしておりませんので、ご注意ください。 ＊ Primer Express ver.3.0を使用して設計しました。

Standard Curve

Slope Intercept R2 -3.4099 37.867249 0.99646 ⇒R2 ＞ 0.99 となり高い定量性を示した。

本製品を、変性アガロースゲルにて電気泳動を行い、純度を確認した。 M： RNA Ladder(0.125 - 6.0 k base)1µl 1： 本製品 100 ng 2% Agarose S (ホルムアルデヒド変性ゲル）EtBr染色 100V 30min 電気泳動

本製品の配列は、Cap Site cDNA dT Rat Liver を鋳型とした PCR 産物に由来してお ります。
下記のリンクをクリックすると、塩基配列情報 (テキストファイル) をダウンロードで きます。

・<Complete RNA series> Ctss mRNA, Rat

[備考]　本製品の塩基配列は、〈GenBank〉Accession No,NM_017320 (Version, NM_017320.1) の配列と以下の 13箇所が異なります。

1 ・ 135塩基目の「c」は、NM_017320では存在しない。
2 ・ 170塩基目の「a」の後ろに、NM_017320では「cu」が存在する。
3 ・ 188塩基目から191塩基目の「aagg」は、NM_017320では「ag」である。
4 ・ 369塩基目の「a」は、NM_017320では「c」である。
5 ・ 504塩基目の「u」は、NM_017320では「a」である。
6 ・ 656塩基目から663塩基目の「aacggagg」は、NM_017320では「acgag」である。
7 ・ 714塩基目の「a」は、NM_017320では「u」である。
8 ・ 824塩基目から828塩基目の「ugcau」は、NM_017320では「ggcaucga」である。
9 ・ 899塩基目の「g」は、NM_017320では「a」である。
10 ・ 1257塩基目の「c」は、NM_017320では「u」である。
11 ・ 1336塩基目の「c」の後ろに、NM_017320では「a」が存在する。
12 ・ 5'側の6塩基および3'側の14塩基は、製造上の理由で付加されている。
13 ・ 1380塩基目から約50merの「a」が付加されている。

Mizukami T, Imai J, Hamaguchi I, Kawamura M, Momose H, Naito S, Maeyama J, Masumi A, Kuramitsu M, Takizawa K, Nomura N, Watanabe S, Yamaguchi K.
Application of DNA microarray technology to influenza A/Vietnam/1194/2004 (H5N1) vaccine safety evaluation.
Vaccine. 2008 Apr 24;26(18):2270-83.

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