CUGA® Sequencing Service

　CUGA® Sequencingとは、転写反応を行う際のRNA合成を塩基配列決定に応用した「転写シークエンス法」を独自に改良、製品化した、画期的なシークエンシングシステムです。転写シークエンス法は、RNAポリメラーゼを利用することにより、従来のサイクルシークエンス法では解析困難であった鋳型に対して解析が可能となる相互補完的な技術です。1反応で約400 bpの塩基配列を決定することが可能です。

難解読配列に有効

　鋳型DNAの一本鎖への熱変性が不要なので、酵素反応の障害となる高次構造を形成しません。polyG、C、GC rich、回文配列に強く、シークエンス反応がスムーズに進みます。

【サービス仕様】

Code No.	サービス	反応数	希望納入価格
001-04290	T3ワンパス・エンド・シークエンス	1 反応	14,000円
	T7ワンパス・エンド・シークエンス	1 反応	14,000円
	T3/T7デュアル・エンド・シークエンス	T3, T7 各1 反応	27,000円
	オプション : プラスミド精製	1 試料	9,000円

解析	約400 bases/反応ワンパス・エンド・シークエンス : T7またはT3による片鎖の解析デュアル・エンド・シークエンス : T7およびT3による両鎖の解析
受付試料	プラスミド(*注) PCR産物
	注 : 弊社指定の方法にて調製してください。また、大腸菌をグリセロールストックでお送りいただいた場合は、　　オプション(プラスミド精製 : 9,000円)が必要となります。

納品内容	DNA塩基配列データ(text形式)(電子データはCD-Rに記録) 波形データ(pdf形式)(電子データはCD-Rに記録) 波形出力チャート(カラープリント、A4横)

納期	約1週間宅配便でお届けします。ご希望であれば解析結果をEmailでお送りします。

重要 : サンプルの調製方法について

　経験的に、CUGA®シークエンスの成功率は反応に使用する試料の品質に大きく影響されます。より良い結果をお届けするため、お渡しいただく試料は下記の通りの品質でご提供いただきますようお願いいたします。

PCR産物
T3またはT7プロモーター配列が導入されたPCR産物のみ受付けいたします。グレード : 未精製品必要量 : 20 µl以上輸送方法 : -20°C(ドライアイス)
必要な情報
電気泳動写真(サンプルアプライ量記載、サイズマーカー付き) 使用した鋳型の種類、状態(ゲノムDNA、精製プラスミド、cDNA等) 使用したプライマーの塩基配列情報 PCR条件と用いた酵素名
注意
得られたPCR産物を1〜2 µl程度電気泳動して目的の増幅産物がシングルバンドであることが必要となります。プライマーダイマーやエクストラバンドがある場合、あるいはバンドがスメアな場合は解析不可能となる場合がありますので、シングルバンドになるようにPCRの条件検討を行って頂く必要があります。

プラスミド
Qiagen社のQIAprep® Miniprep Systemで精製されたもののみ受け付けいたします。溶媒 : ddH2Oまたはbuffer EB(Qiagen社のQIAprep® Miniprep Systemに付属) 精製度 : OD260/280=1.7〜1.9 輸送方法 : -20°C(ドライアイス) 大腸菌グリセロールストックの場合(注) 輸送方法 : -20°C(ドライアイス) 注 : オプション(プラスミド精製、9,000円)が必要になります。
１)pTS1 DNA(ニッポンジーンテク製)
必要量 : 濃度200 ng/µl以上で液量20 µl以上
２)pTS1 DNA以外で、T3, T7プロモーターが存在するプラスミド
必要量 : 濃度300 ng/µl以上で液量20 µl以上
３)T3, T7プロモーターが存在しないプラスミド
T3またはT7タグ付きプライマーでPCRによるプロモーター導入が必要となります。注意：PCRによるプロモーター導入に使用するプライマーの配列設計を行う際には、導入するプロモーター配列から解析対象配列までの距離は50 bp以上確保して下さい。
必要な情報
弊社内の組換えDNA安全委員会の審査が必要となります。サービス依頼書に必要事項を漏れなく記入して下さい。
注意
QIAprep® Miniprep Systemで精製していただく際には、buffer P1にRNaseを添加しない状態で精製していただく必要があります。
注意
大腸菌グリセロールストックをお送りいただく場合は、「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」に沿って、最も外側の容器(容器を包装する場合にあっては、当該包装)の見やすい箇所に取扱いに注意を要する旨を表示していただくことが必要になります。

オプションサービス
プラスミド精製
所定の方法によるプラスミド精製ができない場合に、その工程を代行いたします。9,000円

備考

サンプルは拡散防止措置区分P1、P2までに限らせて頂きます。
依頼書の内容や記入漏れにより、組換えDNA安全委員会の承認を得られない場合は、シークエンシングサービスが行えませんのでご了承下さい。
本サービス指定の方法で精製されていないサンプル、あるいは濃度、液量不足などサンプルに不備があった場合については、再度調製いただくか、弊社で調製する場合には別途申し受けます。この場合は納期が変わりますのでご了承下さい。
サンプルの数が多い場合、あるいは依頼された件数が集中している場合は、通常の納期では終了しない場合もありますのでご了承下さい。
poly-A, poly-T tailの存在が予想される配列は、場合によっては解析不可能となることがありますので、事前に連絡して下さい。
提供されたサンプル等の保管・返送は行っておりません。原則として提供されたサンプルは解析終了3日後に廃棄処分します。
お客様からお預かりしたデータやその解析結果は、契約書の有無に関わらず秘密保持に万全を期し、お客様の許可無しに外部に公表することはいたしません。また、必要に応じて秘密保持契約にも対応しますので、その際は別途ご連絡下さい。

【サービス依頼書】	以下のPDFファイルをダウンロードしてお使い下さい(PDFファイルを印刷できるソフトウェアが必要です)。
	プラスミド用 PCR産物用

【関連技術 : PCRによるプロモーター導入法】

T3プロモーター : 5'-TAATTAACCCTCACTAAAGGG-NN....NN-3'
T7プロモーター : 5'-TAATACGACTCACTATAGGG-NN....NN-3'

CUGA® シークエンシングではプロモーター配列から50 baseはベースコールされませんのでご注意下さい。

サイクル数が過剰である場合には非特異的なPCR産物が増幅する場合がありますので、PCRに使用する酵素やサイクル等の条件は、非特異的なPCR産物が増幅されず、目的のPCR産物のみが増幅されるよう設定して下さい。また、プライマーダイマー等もシークエンス反応の効率低下を引き起こしますので、プライマーの塩基配列もご確認下さい。

プロモーター付きプライマーでPCRを行うと、T7とT3が末端に付加されたPCR産物ができる。

【原理・使用例等】

　原理・使用例等の詳細につきましては、「CUGA シークエンシングシステムの紹介」（株式会社ニッポンジーンテクホームページ）をご覧下さい。

【ご注文の流れとサンプルのお送り先】

　ご注文の際は以下の手順で作業してください。

このページに記載のサンプルの調製方法に沿ってサンプルを調製する

サービス依頼書(PDF)をダウンロードして印刷し、必要事項を記入する

必要事項を記入したサービス依頼書をコピーする

サンプルと記入したサービス依頼書の原本をニッポンジーンに送付する

サービス依頼書のコピーを和光純薬工業株式会社または同社代理店の営業担当者に渡す

送り先

富山市問屋町1-8-7
株式会社ニッポンジーン学術営業課
tel : 076-451-6548

CUGA®は株式会社ニッポンジーンテクの日本における登録商標です。

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