ISOIL Large for Beads ver.2

土壌(5 g)からのDNA 抽出キット
品名 Code No. 包装単位 価格 備考
ISOIL Large for Beads ver.2 312-06791 8 回用 24,000円  

製造元 (株)ニッポンジーン

表示価格は希望納入価格 (税別) です。

製品説明


ISOIL Large for Beads ver.2 は、5 g の土壌サンプルからDNA を抽出するキットです。界面活性剤による化学的な溶菌と、ビーズによる物理的な菌体破砕(ボルテックス)を併用することによって、効率よく土壌DNA を抽出することができます。
抽出の基本プロトコールに加え、再精製やスケールアップのための2 つのオプションプロトコールも設定されており、充実した内容になっています。

特長

・5 g の土壌サンプルからDNA が抽出可能(基本プロトコール)・黒ボク土などの火山灰土壌からも効率よく土壌DNA が抽出可能・土壌中の腐植物質を効率よく除去でき、高純度な土壌DNA の抽出が可能・オプションプロトコールに対応できる十分な試薬量を確保・より高純度な土壌DNA を得るための再精製が可能(オプション①)・20 g までのスケールアップが可能(オプション②)

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製品内容

保存方法

ISOIL Large for Beads ver.2 に含まれる試薬はすべて室温保存が可能です。
ただし、Precipitation Solution、Wash Solution、Ethachinmate については、使用時のコンタミネーション(カビや雑菌等の混入)に十分注意し、開封後は低温(2~10°C)で保存することをお奨めします。

ISOIL Large for Beads ver.2 (8回用)
構成品 容量 保存 備考
Beads Tube L 8 本 室温 50 ml 容量のチューブの中にビーズが入っています。
Lysis Solution BB 80 ml x 1 室温  
Lysis Solution 20S 4 ml x 1 室温 Lysis Solution 20S中に白い結晶が析出する場合がありますが、品質、性能に問題はありません。このような場合には、容器ごと65°C程度でインキュベートし(ときおり混和する)、結晶を完全に溶解させてからご使用ください。
Purification Solution 45 ml x 1 室温 Purification Solution中に白い結晶が析出する場合がありますが、品質、性能に問題はありません。このような場合には、容器ごと65°C程度でインキュベートし(ときおり混和する)、結晶を完全に溶解させてからご使用ください。
Precipitation Solution 90 ml x 1 室温(冷蔵) 開封後は低温(2~10°C)で保存することをお奨めします。
Wash Solution 45 ml x 1 室温(冷蔵) 開封後は低温(2~10°C)で保存することをお奨めします。
TE(pH8.0) 10 ml x 1 室温  
Ethachinmate 100 µl x 1 室温(冷蔵) 開封後は低温(2~10°C)で保存することをお奨めします。

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使用例

基本プロトコール

オプションプロトコール① 土壌DNAの再精製

1)得られた土壌DNA 300 µlを新しい1.5 mlチューブに移し、200 µlのPurification Solutionを添加し、十分に混合する。
2)300 µlのクロロホルムを添加し、15秒間ボルテックスした後、遠心(12,000 x g, 15分間, 室温)する。
3)中間層を入れないように注意しながら水層(上層)400 µlを新しい1.5 mlチューブに移し、400 µlのPrecipitation Solutionを添加して十分に混合し、遠心(20,000 x g, 10分間, 4°C)する。
4)上清を捨て、500 µlのWash Solutionを加えて沈殿およびチューブ壁をリンスし、遠心(20,000 x g, 10分間, 4°C)する。
5)上清を捨て、500 µlの70%エタノールと1 µlのEthachinmateを加えてボルテックスした後、遠心(20,000 x g, 5分間, 4°C)する。
6)上清を捨て、風乾した後、沈殿を適量(100~300 µl程度)のTE(pH8.0)に溶解する。

オプションプロトコール② 微量なDNAを回収するためのスケールアップ

1)土壌サンプルを5 gずつ、4本のBeads Tube L に入れる。(計20 g)
2)各チューブに、9.5 mlのLysis Solution BBと0.5 mlのLysis Solution 20Sを添加する。
3)最高速度で10 分間ボルテックスした後、65°Cで60分間インキュベートする。
4)遠心(4,000 x g, 5分間, 室温)する。
5)沈殿を入れないように注意しながら、上清を6 mlずつ新しい50 ml チューブ 4本に移し、各チューブに4 mlのPurification Solutionを添加し十分に混合する。
6)各チューブに6 mlのクロロホルムを添加し、1 分間ボルテックスした後、遠心(4,000 x g, 15分間, 室温)する。
7)中間層を入れないように注意しながら、水層(上層)を2本分ずつ新しい50 mlチューブに移し、各チューブに等量のPrecipitation Solutionを添加して十分に混合し、遠心(8,000 x g, 60分間, 4°C)する。(4本のチューブを2本にまとめる)。
8)上清を捨て、各チューブに5 mlのWash Solutionを加えて沈殿および遠沈管の壁をリンスし、遠心(8,000 x g, 10分間, 4°C)する。
9)上清を捨て、各チューブに5 mlの70%エタノールと10 µlのEthachinmateを加えてボルテックスした後、遠心(8,000 x g, 10分間, 4°C)する。
10)上清を捨て、風乾した後、沈殿を適量(0.3~1 ml程度)のTE(pH8.0)に溶解する。

抽出した土壌DNA の電気泳動

2種類の土壌サンプル 5g からDNA抽出を行った。得られたDNAの1 / 200量を電気泳動した結果、土壌DNAを確認することができた。

Lane 1 OneSTEP Marker 1(λ/Hind III digest)
Lane 2 東京大学 弥生圃場 対照区土壌(黒ボク土 / 火山灰土壌)
Lane 3 秋田県立大学 実験圃場 水田土壌(灰色低地土 / 非火山灰土壌)
1% Agarose S

オプションプロトコール①<土壌DNAの再精製>の効果

腐植物質を多く含む黒ボク土から標準プロトールで抽出精製した土壌DNAを、オプションプロトコール①で再精製した。

東京大学 弥生圃場 対照区 (黒ボク土)
東北農業研究センター内圃場 畑 (黒ボク土)

 

結果

標準プロトコールで精製した土壌DNAにはやや着色が見られたが、オプションプロトコール①で再精製することで、無色透明な溶液になった。また、吸光スペクトルの結果より、いずれの土壌DNAも再精製を行うことでより高純度に精製することができた。この再精製におけるDNAの回収率は70%前後であった。

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資料 Data Sheet

製品マニュアル

SDS(Safety Data Sheet)

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関連情報

備考

参考文献

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株式会社ニッポンジーン 学術営業課

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