肉芽腫（サルコイドーシス）の検出用プライマー/プローブ

Reserch use Primers and Probes for detecting granuloma-associated transcript in sarcoidosis.

概要

サルコイドーシスは筋肉、皮膚、肺などの様々な臓器に肉芽腫を形成する炎症性疾患であり、厚生労働省が指定する特定疾患 (指定難病) です。現在のところ効果的な治療法は未確立であり、副腎皮質ステロイドホルモン薬と免疫抑制剤などによる対処療法が行われています。

国立精神・神経医療研究センター メディカル・ゲノムセンター ゲノム診療開発部　飯田有俊先生、船隈俊介先生、斎藤良彦先生、西野一三先生らの研究 (1) により、サルコイドーシスにおいて内在性レトロウイルス“THE1B”を起源とする融合トランスクリプト群が発見されました。また、筋サルコイドーシスにおいて、19種類のTHE1B融合トランスクリプトが異常発現していることが世界で初めて同定されました。 THE1B融合遺伝子はスプライシングにより生じるゲノム構造の変化を伴わないため、ゲノムDNAではなくRNAを直接検出する必要があります。本研究で見いだされた遺伝子の発現を観察することでサルコイドーシス診断のためのバイオマーカーとしての利用が期待されています。

English Version

Sarcoidosis is an inflammatory disorder characterized by the formation of noncaseating granulomas in multiple organs, including muscle, skin, and lungs. It is designated as a Disease of Specified Intractable Diseases by the Ministry of Health, Labour and Welfare in Japan. To date, no curative therapy has been established, and clinical management remains largely limited to symptomatic treatment with corticosteroids and immunosuppressive agents.

In cases of sarcoid myopathy, Funaguma et al. reported, for the first time, the identification of 19 distinct THE1B fusion transcripts (THE1B/FTs). Among these, the expression levels of eight THE1B/FTs were reduced in individuals with cutaneous sarcoidosis following treatment with tofacitinib. Single-nucleus and single-cell RNA-seq analyses also revealed that these THE1B/FTs are predominantly localized to granuloma-associated macrophages in sarcoidosis and to macrophages in tuberculosis tissues, respectively.

As these transcripts are generated through alternative splicing without accompanying genomic structural alterations, their detection necessitates direct RNA-based analysis rather than genomic DNA-based approaches. Quantitative and qualitative assessment of these transcripts is anticipated to advance investigations into their potential utility as biomarkers for sarcoidosis.

参考文献 / Reference

  1. Funaguma, S. et al., Nature Communications, 16: 1318 (2025)
    https://www.nature.com/articles/s41467-025-56567-6

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使用例

筋組織凍結切片からのTHE1B融合トランスクリプトの検出
Detection of THE1B Fusion Transcripts from Frozen Muscle Sections

※本実験データは、国立精神・神経医療研究センター メディカル・ゲノムセンター ゲノム診療開発部　飯田有俊先生からご提供いただきました。
Experimental data were kindly provided by Dr. Aritoshi Iida, National Center of Neurology and Psychiatry (NCNP), Japan.

未染色の10 µm凍結筋切片からRNAを抽出し、RT-qPCRによりTHE1B融合トランスクリプトを検出した。内部標準には、TBP遺伝子を使用し、病理学的検査によりサルコイドーシス陽性および陰性と判定された検体間で比較を行った。リアルタイムPCR試薬には、GeneAce Probe qPCR Mix II (Code No. 313-08823)を使用した。
RNA was extracted from unstained 10-µm-thick frozen muscle sections, and THE1B fusion transcripts were detected by RT-qPCR. The TBP gene was used as an internal reference control, and expression levels were compared between samples classified as sarcoidosis-positive and sarcoidosis-negative based on pathological examination. GeneAce Probe qPCR Mix II (Code No. 313-08823) was used for real-time PCR.

qPCR Conditions

Thermal cycling conditions:　
95 °C for 10 min → （95 °C for 30 sec → 60 °C for 1 min） x 45 cycles
Reaction volume: 25 μL

(a) qPCRによる発現量の比較
Comparison of expression levels by qPCR

(b) ROC-AUC曲線による各THE1B融合転写産物の識別能評価
Evaluation of the discriminatory performance of each THE1B fusion transcript using ROC-AUC analysis

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プライマー/プローブの合成について

本ページに掲載している情報は、国立精神・神経医療研究センター メディカル・ゲノムセンター ゲノム診療開発部 様のご了承のもと、論文掲載情報に基づき紹介しております。 ニッポンジーンでは、掲載配列を入力済みのオリゴ合成注文書をご用意しております。ご希望の方は以下の申込書をご利用ください。

価格表
肉芽腫（サルコイドーシス）検出用プライマー/プローブ合成　価格表（PDF）

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Note
Nippon Gene's oligonucleotide synthesis service is available only within Japan.

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