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ISOSPIN Fecal DNA

スピンカラムを用いた糞便からのDNA抽出・精製キット
核酸抽出/精製
品名 Code No. 包装単位 価格 備考
ISOSPIN Fecal DNA 315-08621 50回用 48,000円  

製造元 (株)ニッポンジーン

表示価格は希望納入価格 (税別) です。

製品説明

ISOSPIN Fecal DNA
ISOSPIN Fecal DNA 50回用

ISOSPIN Fecal DNA(アイソスピン フィーカル ディーエヌエー)は、スピンカラムを用いて糞便からDNAを抽出・精製するためのキットです。

糞便に至適化した抽出液とビーズビーティングによる物理的な破砕の併用によって、強固な細胞壁を有する微生物からもDNAを抽出することが可能です。 また、精製工程においては、独自開発したスピンカラムを採用しており、フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用することなく、迅速・簡便にDNAを精製することが可能です。

本品のご使用には、別途 ビーズ式破砕装置(2 mlチューブ対応) が必要になります。

特長

・フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用しない ・自社開発のスピンカラムにより、高い操作性を実現 ・操作時間約30分間~1時間で抽出・精製が可能・ビーズビーティングで強固な細胞壁を有する微生物からもDNA抽出が可能・RNase A の添加により、RNAの混入が少ないDNA溶液が得られる ・糞便から純度の高いDNAが高収量で得られる

260/230比が高く、吸光度測定結果に基づいて算出されるDNA濃度の信頼性も高いです。


採用実績

本製品は、日本マイクロバイオームコンソーシアム(JMBC)をはじめ、大学、公的研究機関、製薬メーカー、食品メーカー、受託検査会社等、数多くのお客様に採用されています。

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製品内容

 

ISOSPIN Fecal DNA (50回用)
構成品 容量 保存 備考
FE1 Buffer 35 ml x 1 室温 FE1 Buffer中に白い結晶が析出する場合がありますが、品質、性能に問題はありません。ときおり混和しながら、容器ごと37~65℃で加温し、結晶を完全に溶解させてからご使用ください。
FE2 Buffer 4.5 ml x 1 室温  
FB Buffer 40 ml x 1 室温  
FW Buffer 40 ml x 1 室温  
TE (pH 8.0) 5 ml x 1 室温  
RNase A (100 mg/ml) 0.5 ml x 1 室温* * 長期間使用しない場合は冷蔵もしくは冷凍保存(-20℃)してください。
Beads Tube 50本 x 1 室温 2 ml 容量のチューブの中にビーズが入っています。
Beads Tube
Spin Column 50本 x 1 室温 上部パーツ:カラム、下部パーツ:Collection Tube
Spin Column

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使用例

標準プロトコールは、ビーズビーティングによる物理的な破砕の併用によって、強固な細胞壁を有する微生物からもDNAを抽出することが可能です。なお、DNAの物理的な剪断を避けたい場合には、ビーズビーティングを行わない熱処理法による抽出プロトコールをお試しください。

プロトコル

Data 1: ヒト糞便DNA溶液のアガロースゲル電気泳動結果と吸収スペクトル

電気泳動図

スペクトル

本キットを用いて、0.2 gのヒト糞便サンプルからDNA溶液を得た。吸光度測定値に基づいて定量した 200 ngのサンプルを電気泳動した。

左図:電気泳動像(1% Agarose S/TAEゲル)
右図:吸光スペクトル

結果

ヒト糞便サンプルから、標準プロトコール(Beads Beat法)と熱処理法によるプロトコールの両方法で高品質なDNA溶液を得ることができた。


Data 2: リアルタイムPCR法によるBifidobacterium属の検出

比較データ
増幅曲線

本品およびA社、B社の糞便DNA抽出キットを用いて、0.2 gのヒト糞便からDNA溶液を得た。
吸光度測定結果に基づいて定量した5 ngのDNAを鋳型に Bifidobacterium 属を検出するプライマーとプローブ、リアルタイムPCR試薬DirectAce qPCR Mix plus ROX Tubeを用いて Ct 値を比較した。

結果

ISOSPIN Fecal DNA(本品)で抽出したDNAを用いた場合、A社およびB社の糞便DNA抽出キットで得られたDNA溶液よりも低い Ct 値を示した。このことから、ISOSPIN Fecal DNA は、ヒト糞便中の Bifidobacterium 属のようなグラム陽性菌からも効率的にDNAを得ることが可能であると示唆された。


Data 3: 各種キットとの比較データ

各社キットを使用し、糞便からDNAを抽出後、吸光度にてDNAの収量を比較した。糞便のサンプル量は各社キットのプロトコールに従った。

① 糞便からのDNA収量 比較データ
メーカー 糞便量 DNA収量 糞便1mgあたりのDNA収量
ISOSPIN Fecal DNA (Beads Beat法) 200 mg 24.27 µg 0.121 µg/mg
ISOSPIN Fecal DNA (熱処理法) 200 mg 25.26 µg 0.126 µg/mg
A社キット 250 mg 2.42 µg 0.010 µg/mg
B社キット 200 mg 8.46 µg 0.042 µg/mg
C社キット 500 mg 23.33 µg 0.047 µg/mg

結果 ISOSPIN Fecal DNA(本品)は他社キットと比較して高いDNA収量が得られた。


② 各種キットで抽出した糞便DNAの電気泳動像比較

比較データ
各種キットで抽出した糞便DNAの電気泳動像比較(1% Agarose S/TAE)

各社キットで抽出したDNAを、吸光度測定結果に基づいて 200 ngに揃えた後、電気泳動を行った。

M: OneSTEP Marker 6 (Lambda/StyI digest)
①:ISOSPIN Fecal DNA(Beads Beat法標準プロトコール)
②:ISOSPIN Fecal DNA(熱処理法によるプロトコール)
③:A社キット
④:B社キット
⑤:C社キット

結果  ISOSPIN Fecal DNA(本品)は、他社キットよりもシグナル強度の強いバンドが検出された。
他社キットはDNA以外の不純物が吸光度に影響を与えていると考えられ、本品はより純度の高いDNAが得られていることが示唆された。

③ 各種キットで抽出した糞便DNAの吸光度比較

各社キットで抽出したDNAの吸光度の平均値(n=3)を算出し、260 nmのAbsを1に揃えて比較した。

結果 ISOSPIN Fecal DNA(本品)は、他社キットと比較して高純度のDNAが得られた。


Data 4: 医薬健栄研プロトコルと本キットとの比較

※ 本実験データは、国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 ワクチンマテリアルプロジェクト 國澤 純 先生、細見 晃司 先生 からご提供いただきました。 以降、国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 様を「医薬健栄研」と略して記載しています。(参考文献 1

① 糞便からの細菌叢の解析

ヒト6名分の糞便サンプルをテクノスルガ・ラボ社の採便キットを用いて採取し、ボルテックスでよく混和した。懸濁液(保存液に浸した糞便) 0.2 ml (0.03-0.1 g/ml)から、医薬健栄研プロトコル(ビーズ破砕・自動核酸抽出)もしくは本キット(ISOSPIN Fecal DNA)標準プロトコルでDNAを調製し、16S rRNA のV3-V4領域をイルミナ社Miseq でシーケンスした。属レベルで細菌叢解析を行い、割合が多い上位30菌種をグラフにまとめた。

結果 ISOSPIN Fecal DNA(本品)で抽出したDNAと医薬健栄研プロトコールで抽出したDNAで高い相関があることが示唆された。

② 唾液からの細菌叢の解析

ヒト12名分の唾液サンプルを採取した。唾液サンプル 0.2 ml から、医薬健栄研プロトコル(ビーズ破砕・自動核酸抽出)もしくは本キット(ISOSPIN Fecal DNA)標準プロトコルでDNAを調製した。それぞれの方法で抽出したDNAをイルミナ社Miseq でシーケンスし、細菌叢解析を行った。



結果
  同じ被験者からのサンプルは、同じクラスターに分類された。唾液サンプルの場合でも、ISOSPIN Fecal DNA(本品)で抽出したDNAと医薬健栄研プロトコールで抽出したDNAで高い相関があることが示唆された。

Data 5: マウス糞便からのDNA抽出と16S rRNA遺伝子領域の増幅


本品を用いてマウス糞便50 mgからDNAを抽出し、細菌の16S rRNA領域をPCRで増幅した。PCR産物は10 μLずつ電気泳動に供した。

抽出条件
ISOSPIN Fecal DNA 標準プロトコールから、使用する糞便量を200 mg から50 mgに変更した。(糞便が乾燥し、吸水性が高かったため試料する糞便量を減らした。)

PCR条件
鋳型:マウス糞便から抽出したDNA溶液またはその希釈液 1 μL
PCR酵素:Gene Taq NT(Code No. 318-03231)

結果

試料のスタート量を200 mgから50 mgに減らすことで、マウス糞便からDNA抽出できた。


Data 6: ウシ糞便からのDNA抽出と16S rRNA遺伝子領域の増幅

各社キットを使用してウシ糞便からDNA溶液を得た。吸光度測定値に基づいて定量した5 ngのDNAを鋳型にリアルタイムPCRで細菌の16S rRNA領域を増幅した。



結果

吸光度測定の結果より、本品は他社キットと比較して純度よくDNAが得られた。 また、リアルタイムPCRでは、最も早い増幅曲線の立ち上がりを示した。


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Q & A

糞便懸濁液(保存液)からの抽出はできますか?
可能です。糞便懸濁液からの抽出プロトコールを用意していますので、 詳細は製品マニュアルをご参照ください。。
ビーズ破砕装置はどのようなものを使用すればよいですか?ボルテックスミキサーは使用できますか?
ボルテックスミキサーを使用した場合、製品添付のチューブ内にあるビーズとサンプルと試薬が十分に撹拌されず、本製品の性能が得られない可能性があります。そのため、ボルテックスミキサーの使用は推奨しておりません。
2.0 mlチューブを収容可能で、破砕条件(4~6 m/秒間または4,200~6,800 rpmで30~45 秒間)に対応できるビーズ式破砕装置をご使用ください。条件を満たすことを確認しているビーズ式破砕装置は以下になります。ただし、弊社では確認していない装置もありますので、ご了承ください。
  • マルチビーズショッカー 多検体細胞破砕機(安井器械株式会社)
  • ビーズ式細胞破砕装置 MS-100(株式会社トミー精工)
  • FastPrep FP100A Instrument(MP-Biomedicals(Q-Biogene))
  • FastPrep-24(MP-Biomedicals(Q-Biogene))
  • Mini-BeadBeater(BioSpec)

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資料 Data Sheet

製品マニュアル

SDS(Safety Data Sheet)

リーフレット

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関連情報

ISOSPIN Fecal DNAの使用文献

  1. Dieter M. Tourlousse, Koji Narita, Jun Terauchi et al.: Validation and standardization of DNA extraction and library construction methods for metagenomics-based human fecal microbiome measurements: Microbiome. volume 9, Article number: 95 (2021)

参考文献

  1. K Hosomi, H Ohno, H Murakami, Y Natsume-Kitatani, K Tanisawa, S Hirata, H Suzuki, T Nagatake, T Nishino, K Mizuguchi, M Miyachi and J Kunisawa: Method for preparing DNA from feces in guanidine thiocyanate solution affects 16S rRNA-based profiling of human microbiota diversity. Sci. Rep., 7, 4339 (2017)
  2. Dieter M. Tourlousse, Koji Narita, Takamasa Miura, Akiko Ohashi, Masami Matsuda, Yoshifumi Ohyama, Mamiko Shimamura, Masataka Furukawa, Ken Kasahara, Keishi Kameyama, Sakae Saito, Maki Goto, Ritsuko Shimizu, Riko Mishima, Jiro Nakayama, Koji Hosomi, Jun Kunisawa, Jun Terauchi, Yuji Sekiguchi, Hiroko Kawasaki: Characterization and Demonstration of Mock Communities as Control Reagents for Accurate Human Microbiome Community Measurements. Microbiol Spectr, vol. 10(2), e01915-21 (2022)

備考

関連製品

問い合わせ先

購入に関するお問い合わせ先
富士フイルム和光純薬株式会社および同社代理店・特約店
製品に関するお問い合わせ先
株式会社ニッポンジーン 学術営業課

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